南京市商会是1931年4月成立的协会。
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清光绪二十七年(1901)成立全国总商会。1921年曹为仙发起组织南京市商民协会筹备处。1927年9月申请成立市商民协会。经南京市党部、市政府许可立案。1928年6月，南京市党部组织商会整理委员会。1929年2月市商会整理委员会对商民协会进行整理，9月成立了商人、店员、摊贩三个总会。1930年12月组织南京市商会筹备会。1931年4月成立南京市商会。
1933年进行改组。1936年8月再次改组后正式成立南京市商会。市商会执行委员有汪权梅、江政卿、王绎斋、李富前、柳绅、端木申卿、胡庸山、赵连成、张竟平、杜哲庵、江云程、钱贯之、穆华轩、游竹、葛亮畴，监察委员有黄同轩、王光祖、宓公干、罗纳斋、王公、程绍余、于芮松，候补执行委员有陈锡生、王卓之、王瑞梧、岳、竺建甫、程嘉农、冯鲁蟾，候补监察委员有陈汉卿、陈家礼、吕苍岩。公会会员有76个团体，商店会员有3个。会址设在南京白下路。1946年4月25日在南京改组成立。负责人为王绎斋。同年6月18日经南京市社会局核准立案。会址仍设在南京白下路。