不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是真核生物的主要演化支之一，包括大量的藻类，从多细胞的大型海草到单细胞的各种浮游硅藻，这些藻类拥有叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌门，如爱尔兰大饥荒及近日的栎属猝死病，都是由卵菌纲生物引起的。不等鞭毛这一名称源于其生命周期的能动阶段，须苔属细胞具有两种不同形状的鞭毛。
简介
不等鞭毛门（学名：Heterokontophyta）是真核生物的主线，已知的下辖物种超过10万个品种，当中大多数属于单细胞的硅藻。大至多细胞的大型海草，小至单细胞的各种浮游硅藻。这些藻类拥有叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌门，是不少植物性瘟疫的元凶，如爱尔兰大饥荒及近日的橡树突然死亡，都是由卵菌纲生物引起的。
下属纲
一、有色类 (藻类生物)
1、Actihrysophyceae (axodines)
2、硅藻纲（Bacillariophyceae）
3、Bolidophyceae
4、金藻（Chrysophyceae）
5、大眼藻纲(Eustigmatophyceae)
6、Pelagophyceae
7、褐藻纲（Phaeophyceae）
8、Phaeothamniophyceae
9、绿胞藻纲(Raphidophyte或Chloromonadophyceae)
10、Synurophyceae
11、黄绿藻纲（黄藻）
二、无色类 (真菌类生物)
1、Bicosoecea
2、丝壶菌纲(Hyphochytridiomycetes)
3、Labyrinthulomycetes (slime nets)
4、卵菌门(Oomycetes)
5、Opalinea
6、Proteromonadea
7、芽囊原虫属（Blastocystis）