PAUP*
PAUP*是一款用于构建进化树及进行相关检验的计算机程序，由David L. Swofford编写。最初，PAUP只实现了最简原则，但从4.0版本开始（也就是程序被称为PAUP*时），它也支持距离矩阵和似然方法。PAUP*是自2000年以来使用最广泛的种系发生演算软件包，也是许多系统发育学家的首选。PAUP*支持Windows和Unix平台，也可作为geneious的插件使用。PAUP*现在包括了“物种树”方法SVDquartets，除了最简原则、似然和距离方法外。PAUP*是一款收费软件，但它的独特命名方式（读作Paup Star）常常被误称为PAUP。
软件简介
PAUP*：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)，包含了众多分子进化模型和方法，可利用最大似然法、简约法、距离法等分析分子数据（脱氧核糖核酸、蛋白质序列）、形态学数据及其他类型的数据（如行为学数据）。该软件主要用于进化生物学研究，也可用于保护生物学、生态学和法医学研究。截至目前，PAUP是应用最广泛的系统发育分析软件。
PAUP*可以在麦金塔、Windows、UNIX / VMS、DOS环境下运行。Windows要求：Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Windows Vista。最少4 M RAM（分析大的数据集需要更多的存储空间）最少2 M 硬盘空间。PAUP*最开始只是为苹果Macintosh系统设计，后来被移植到Windows平台。
截至2006年11月为止，完整的用户界面也只能在Mac OS 9和Mac OS X的Classic环境下运行。Windows版本有一个简单的用户界面。而portable版本，即设计给unix／Linux系统使用的版本，只有命令行字符界面。根据作者David Swofford 2006年5月在美国亚利桑那州的坦佩召开的GEB2006（Genomics, Evolution and 生物信息学 2006）会议上的报告，为Windows和Mac OS X所设计的完整用户界面正在开发中，于2006年发布。
开发历史
2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距离法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；并于2002年推出光盘版的4.0 Beta。
2008.12月，推出版本为：4.0 Beta 10 。
该软件最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是应用简约法进行系统发育分析。