院基寺建于宋代初年，明初洪武年间随着江西省僧人迁徙此地，院基寺扩建至较大规模，后因清末战乱损毁大半，1983年由于人为因素彻底不复存在。
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佛教流传黄陂区始于隋，兴于唐，为禅宗派临济宗，活动中心在长轩岭。李世民贞观年间，邑人在木兰山下修建了上古寺，至宋代初年在木兰山地区又先后修建了禅定寺、古潭寺、双泉寺、夏家寺、院基寺、下古寺、竹林寺，被称为八大禅寺。
据1936年5月统计，当时仅存的禅定寺、古潭寺、双泉寺、夏家寺、院基寺、竹林寺还有常住僧众726人。
明初洪武年间，江西省僧众随人口迁移来到此地，依照碑文记载复建院基寺，后又经多次扩建逐步形成较大规模，有天王殿、大佛殿、接引殿、罗汉堂等，还有藏经阁、钟楼、鼓楼、放生池、净心院等建筑，直到明末清初依旧保持了完好建筑3000多平方米56间，占地百余亩的规模，住寺僧众百余人。寺内铸有铭文铜钟重达两吨，敲响之时，方圆20余里皆闻其声。
清末以来兵荒马乱，住寺僧众大部逃散，寺院部分倒塌或焚毁，铜钟亦被盗走。第二次国内革命战争期间，董必武、李先念、徐海东等老一代革命家长期在此地开展革命活动并经常居住此寺。至1949年寺院尚存房屋30余间，僧众十余人。
1959年黄陂区发生了72年未遇的大早，全县动员大修水库。1961年蓄水量为8300万立方米的院基寺水库动工，院基寺部分拆毁充作水库建材、部分没入库底，地上仅存接引殿、罗汉堂、藏经阁、钟楼等10余建筑。1983年水库管理所为修建办公楼及当地村民为取得石料建房将院基寺最后剩余建筑全部拆除，千年古刹不复存在。