哈尔滨市疾病预防控制中心成立于2003年，是一家实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位。
2020年10月，被中共黑龙江省省委、黑龙江省人民政府评为“黑龙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体”。