吉木萨尔县博物馆(Jimsar County Museum)隶属于新疆吉木萨尔县文物局，是系统地展现新疆北庭地区历史与文化发展演变的博物馆。
馆藏文物
吉木萨尔县博物馆的基本陈列为吉木萨尔县的历史与文物陈列，是以社会、展史的分期划分历史阶段，以本县区域出土、征集的文物，本县历史发展中有关的重要历史人物和事件来系统地反映吉木萨尔县的历史与文化，陈展面积750平方米，共展出实物和辅助展品202件。这些展品所属时代，上自远古，下至近、现代，自成体系，具有鲜明的地方特色，能够反映新疆北庭地区的社会发展与各民族融合、繁衍的历史进程。经鉴定，展品中国家一、二、三级文物计20件，其中不少具有很高的历史价值、科学价值和艺术价值。如汉时期的彩陶罐是西域地区彩陶文化的典型器物。唐时期的比丘头像、比丘身像、龙首、吉木萨尔县博物馆现有藏品546件，多以抢救性出土、征集和捐赠等方式获得。藏品按材质划分为金属器类、陶瓷类、石器类、竹木器物、玉器类等，钱币则单独划分。其中金属器物104件，陶瓷器物170件，其余为石、玉、竹木器物。钱币共计256枚。各类具有重大科学、历史、艺术价值藏品的保护尤为重要，博物馆为此安装了安防设备，设立专门的藏品保管人员，制定藏品安全管理制度，定期对藏品存放状况进行检查。因展馆采用水热采暖设备，四季温度、湿度条件相差不大，而且适时通风，基本符合这些藏品所需的安全存放条件。
发展历史
2006年10月，吉木萨尔县文博中心大楼在福建省援疆干部及社会各界的大力支持下开工建设，2008年5月正式完工。该文博中心占地面积13510平方米，投资3500万元，是一座大型的融北庭鲜明的区域文化与盛唐历史文化于一体的仿古建筑，也是县内最大的一所综合性服务机构，内设三个中心、四个展馆。吉木萨尔县博物馆就位于该文博中心大楼四楼占地约800平方米，于2008年5月1日正式开放。下设博物馆办公室和文物保护部，具体负责博物馆开展、运行的各项事务。
文化建设
高素质的人才队伍是文博事业发展的核心动力。吉木萨尔县县博物馆为此狠抓文博人才的培养和文博队伍的建设，采取请进来、派出去的学习方式，先后邀请中国社科院、新疆社科院、新疆大学、敦煌研究院等处知名专家、学者来吉木萨尔地区考察调研，派文博专业人员跟随学习；另外自筹资金，派专业人员参加新疆考古所、社科院在新疆和田、伊犁阿勒泰市等地的考古发掘；参加新疆考古所的器物绘图与文物修复学习；参加新疆维吾尔自治区文物局举办的全疆讲解队伍的培训班等，通过不懈的努力，文博队伍的专业水平已逐步提高，文博工作人员已基本掌握了考古、修复、绘图、讲解、鉴定等多方面专业知识，整体专业水平已明显提升，为文博事业的新发展奠定了良好基础。
开展馆际之间的交流也是促进文博事业发展的好方法。吉木萨尔县博物馆自2008年5月至2009年12月先后同昌吉回族自治州博物馆、新疆奇台县博物馆、乌鲁木齐市文管所等就文物展陈、保护、讲解、鉴定等方面展开交流、学习与协作，相互调拨文物进行展览，以促进博物馆工作的不断创新与发展。
行政
吉木萨尔县博物馆由吉木萨尔县文物局进行管理，是依照公务员管理的行政事业单位，经济来源主要为财政拨款。博物馆下设博物馆办公室和文物保护部，人员编制核定11人，从事业务工作人员6人，均为大专学历以上的中、青年。博物馆坚持“三贴近”原则，为公众提供文物展示、征集、讲解、鉴定、文物保护、宣传、利用等服务并不断增强博物馆的宣传展示和服务水平，充分发挥博物馆在公众思想道德建设中的独特作用，把博物馆作为大众受教育的基地，作为人们了解、研究、发掘新疆北庭深厚历史与文化的基地，更是爱国主义教育基地和青少年校外活动基地。博物馆严格遵照上级博物馆的指示精神实行免费开放制度，年均接待国内外参观人员2万人。