刘洪波，男，博士，副教授。主要研究方向是生物信息学和计算表观遗传学。目前的研究工作主要集中于癌症干细胞的表观遗传调控机制。整合高通量的基因组和表观基因组学数据，基于生物信息学的方法和策略挖掘与癌症发生发现密切相关的表观遗传调控元件，并研究各种调控元件协同调控肿瘤的生成、转移的分子机制。自2007年从事生物信息学研究至今已累计发表SCI论文22篇，总SCI影响因子118.8。通讯/(并列)第一作者论文11篇，其中有6篇SCI论文发表在影响因子为9.112的国际著名期刊《Nucleic Acids Research》上。目前已主持国家自然科学基金1项，完成省级、校级课题两项，先后参加国家级、省级课题5项。获得黑龙江省科学技术学术成果奖一等奖2项，于哈尔滨工业大学攻读博士期间获得博士国家奖学金1项。
人物生平
刘洪波，男，哈尔滨医科大学副教授。于2007年7月在曲阜师范大学数学科学学院信息与计算科学专业获得学士学位，同年九月进入哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术 学院攻读硕士学位，主修专业是生物医学工程（生物信息学方向），师从日本留学归国的张岩教授从事计算表观遗传学的科学研究。2010年7月获得硕士学位，被授予“黑龙江省优秀毕业研究生”的光荣称号，并留校任教，继续从事计算表观遗传学的科学研究。自2012年10份至今于哈尔滨工业大学生命科学学院在吴琼教授指导下攻读博士学位，主要研究方向是发育过程中的表观遗传调控机制研究。
主要成就
刘洪波致力于表观遗传领域的高通量数 据挖掘的算法和软件开发，可视化网络平台及数据库构建。主要的研究成果包括差异甲基化区域的筛选、人类组蛋白修饰数据库的构建、脱氧核糖核酸甲基化高通量数据的 分析方法构建、癌症和发育过程中表观遗传修饰的动态变化分析等。基于Shannon信息理论，将生物信息学和表观遗传学结合，开发了用于筛选多个样本间差异甲基化 区域的方法QDMR，该方法在定量甲基化差异、筛选差异甲基化区域、及计算差异甲基化区域的样本特异性方面都取得了很好的效果，并开发了可视化软件和网站，该研究成果已经发表在2011年的《Nucleic Acids Research》(SCI影响因子:8.278)上；构建了小鼠发育甲基化数据库DevMouse等，同时还参与了人类组蛋白修饰库、哺乳纲基因组功能CpG岛的预测方法CpG_MI的开发、基于临近性测度研究组蛋白修饰之间协同调控关系 的研究、通过对表观遗传互作网络的整合分析揭示基因调控的表观遗传模式、基于特征挖掘方法识别了乳腺癌相关的新的超甲基化基因等工作，这些工作已经分别发 表在《Nucleic Acids Research》、《Scientific reports》、《 Database 》、《PLoS ONE》、《Molecular Biology Reports》和《Computers in Biology and Medicine》上。
自2007年从事生物信息学研究至今已累计发表SCI论文18篇，总SCI影响因子 85.6，其中有6篇SCI论文发表在影响因子为8.278的国际著名期刊《Nucleic Acids Research》上。自2010年至今已主持完成省级、校级课题两项，先后参加国家级、省级课题5项，并获得黑龙江省科学技术学术成果奖一等奖2项。
出版著作
1) Liu H, Zhu R, Lv J, He H, Yang L, Huang Z, Su J, Zhang Y, Yu S, Wu Q*, DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools. Database(牛津), 2014:bat084, 2014.(SCI收录, IF 4.5)
2) Liu H, Chen Y, Lv J, Zhu R, Su J, Liu X, Zhang Y*, Wu Q*, Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes. Sci Rep, 3,2576, 2013.(SCI收录, IF 5.1)
3) Lv J, Liu H, Huang Z, Su J, He H, Xiu Y, Zhang Y, Wu Q*, Long non-coding 核糖核酸 identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features. Nucleic Acids Res, 41,10044-10061, 2013.(并列一作, SCI收录, IF 8.3)
4) 张姓 Y*, Liu H, Lv J, Xiao X, Zhu J, Liu X, Su J, Li X, Wu Q, Wang F, 崔姓 Y, QDMR, a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy. Nucleic Acids Res, 39,e58, 2011. (并列一作, SCI收录, IF 8.3)
科研项目
基于高通量组学数据的干细胞多能性相关脱氧核糖核酸甲基化调控元件识别及其功能分析
*刘洪波; 刘晓娟; 李喆; 严海丹; 张春龙; 贾珊珊; 黎松
国家自然科学基金委员会, RMB 250,000.00, 2015/1/1 - 2017/12/30.
整合高通量DNA甲基化数据识别疾病相关的生物标记
*刘洪波; 李; 丁静; 黄文杰; 刘杰
黑龙江省教育厅科学技术研究项目, RMB 10,000.00, 2012/1 - 2014/12.
参考资料
QDMR: a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy.PubMed.2015-02-02
DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools.PubMed.2015-02-02
刘洪波的科研主页.科研之友.2018-04-10
Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes.PubMed.2015-02-02
Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features.PubMed.2015-02-02